【器官空间图谱】《Nature》提到的空间组织结构解析，这个最新的公共数据资源库您可能还不知道！

发表时间：2022-05-27 12:04

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2021年8月《Nature》上的一篇综述详细阐述了空间组学技术的新发展和新突破如何助力组织分子结构解析和空间生物学的研究。基于空间背景信息的组织分子图谱为基础科研探究、药物研发和临床应用等提供了新方法新思路新见解，也逐步成为主流的研究技术。GeoMx DSP等创新的空间多组学技术，突破了检测通量的限制，可以实现检测组织细胞中的全转录组或蛋白质组，同时还保留空间背景信息。这可以帮助研究人员发现更多新的细胞类型、细胞状态和生物标志物等，进而对健康和疾病中的生物学过程有了更详细更深入的了解。


器官组织结构信息具有潜在的临床应用价值

Tissue Architecture+Spatial Transcriptomics


  • 细胞类型、组织分布和基因表达模式在基因协调器官发育和疾病过程中发挥关键作用；
  • 器官的全转录组表达谱是揭示组织结构驱动下潜在功能机制的关键；
  • 与其他数据整合分析将为洞察组织结构提供了全景视图。

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NanoString器官空间图谱公共数据库及中文介绍会：


NanoString联合空间生物学领域领军研究机构和科学家共同启动器官空间图谱计划（Spatial Organ Atlas，SOA），旨在建立一个从实验设计、数据分析到结果可视化的标准化参考流程，同时为人体多个器官组织建立信息丰富和公开可访问的参考数据集，助力全球科学家利用空间组学工具开展多领域研究。产生的数据将为我们对器官发育、功能以及疾病发生发展，如癌症生物学的理解产生深远的影响。SOA计划第一阶段主要关注的器官有：人类脑、肾脏、胰脏、结肠、淋巴结，小鼠脑，获取其空间全转录组数据。全球科学家均可在NanoString官网下载已有数据进行独立分析，开展探究。随着项目的持续深入和进行，更多最新数据也将逐步更新，敬请关注！

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器官空间图谱计划（Spatial Organ Atlas，SOA）主要利用GeoMx® DSP空间多组学平台，结合人和小鼠的空间全转录组方案( GeoMx® Whole Transcriptome Atlas，WTA ) 实现了在组织原位获取空间全转录组数据，进而描绘器官发育和功能背后复杂的分子机制。

  • 在细胞和分子水平解析器官组织的空间结构；
  • 含有空间背景信息的器官组织全转录组数据集；
  • 公开的数据资源助力空间分子解剖学研究。

Spatial Organ Atlas官网：
https://nanostring.com/products/geomx-digital-spatial-profiler/spatial-organ-atlas

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肾脏空间图谱数据示例：
  • 空间全转录组：>18,000 基因，5μm FFPE组织切片；
  • Morphology Markers：
    · PanCK – Epithelial cells；
    · CD10+CD31–Proximal nephrons and endothelial cells；
    · DNA – Nuclei；

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【中文研讨会】NanoString 公共数据资源—Spatial Organ Atlas器官空间图谱介绍


  • 日期：2022年3月31日
  • 时间：下午14:30-15:30   
  • 形式：线上会议（中文）

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扫码可进入直播间，期待您的参与和探讨！

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后续“NanoString生物技术”会针对Spatial Organ Atlas器官空间图谱公共数据库推出系列研讨会进行中文介绍，内容包括数据分析方案思路和全球科学家使用该数据库开展的真实研究项目案例。同时，随着项目的持续进行，会有更多器官的数据完成和公布，“NanoString生物技术”也会针对每次数据更新，进行中文的更新介绍。敬请关注！

关于NanoString生物技术

NanoString Technologies是生命科学领域专注科研发现和转化研究的领先创新科技公司和工具方案供应商。目前NanoString主要提供nCounter®荧光条码多靶标表达分析系统和GeoMx® Digital Spatial Profiler（DSP）空间多靶标分析系统，来帮助研究人员探索和绘制生物学全视角图景。nCounter®分析系统可以轻松地描述近千个基因、蛋白质的表达，同时专利的数字条形码技术保证了检测的高灵敏度和准确性，目前该技术已被引用在超过5000份同行评审的出版物中。GeoMx® Digital Spatial Profiler（DSP）该平台完美结合组织病理学、免疫学与分子技术，能够兼容支持多种具有挑战性的样本类型，包括FFPE组织切片、新鲜冻存样本、穿刺样本和组织阵列芯片（TMA），获得样本中蛋白及全转录组水平的空间原位表达谱，可以称为生物GPS定位系统。帮助研究人员加快生物标记的发掘和疾病机理的深入剖析，在转化医学与临床应用中扮演越来越重要的角色，目前已在超过100份同行评议的出版物中被引用。更多信息，请访问www.nanostring.com。


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